El entonces presidente Ángel Aznar, en solo dos años modificó las estructuras del club, dando un gran impulso al club, económica y deportivamente. El día 7, fue destituido Víctor Fernández y el día 29 fallecía Alfonso Solans Serrano, siendo hasta la fecha el único presidente que murió ocupando el cargo. El primer día del año 2000, perdió por un accidente automovilístico a su jugador Sandro Baylón, zaguero y volante de 21 años que llegaba al arco rival y anotaba goles. El partido acabó sin goles y se tuvo que decidir el título en la tanda de penaltis con victoria para los blanquillos por 5-4. Se trataba del cuarto título copero del club. En junio de 2007, Amanecer Dorado envió representantes para protestar contra el G8, junto con al Partido Nacionaldemócrata de Alemania y otras organizaciones de extrema derecha europeas. Así, te ayudamos a equiparte con moda de fútbol clásico para vivir con pasión el mes de junio en el que nos reuniremos con amigos o familia para disfrutar de la fiesta del fútbol europeo.
Curiosamente fue el mismo rival con el que se tuvo que enfrentar el 30 de junio de 2001 en la final de la Copa del Rey que tuvo como escenario el estadio de La Cartuja de Sevilla. Tras el encuentro, Íker Casillas apeló al partido de vuelta al «espíritu de Juanito», pero el Zaragoza se clasificó a la final tras perder en el Bernabéu por 4-0 —otro gol más le hubiera eliminado—. Rayo y Granada CF, cambió la posición en la tabla clasificatoria por el Villareal CF, que debido a un gol de Falcao del Atlético en El Madrigal mandó a Segunda División al club castellonense. No obstante, la permanencia se selló en Jerez, en la penúltima jornada a pesar de caer derrotados por 3-2. Los fichajes de invierno fueron fundamentales para permanecer en la Primera División. Desde la séptima jornada de la Liga 2006/07, el conjunto aragonés nunca bajó de los seis primeros clasificados, logrando por undécima vez en su historia vía Liga clasificarse a Europa (en concreto a la extinta Copa de la UEFA). En la jornada 19, el Zaragoza se encontraba en decimonovena posición con tan solo 14 puntos.
En las últimas 12 jornadas sumó únicamente 5 puntos. Se sumaron 26 puntos, consiguiendo la victoria en 7 encuentros, empatando en otros 5 y no se sumó ninguno de los tres puntos en seis choques. Boca un año más tarde, ganando tres títulos ligueros más. 1994 se convirtió en año inolvidable en la historia del club, que lo terminó con 14 meses sin conocer una derrota en su feudo y colíder de la Liga. Se omite a Shiloh y se enumeran dos: sus hermanas, Vivienne y Zahara, nombrando a John Jolie-Pitt en una barra lateral. El único aspecto positivo de la última jornada, en el encuentro ante el FC Barcelona al que se empató, camiseta inter de milan 2022 fue el debut de Cani que en su primera acción del encuentro le hizo un caño al lateral neerlandés Reiziger. Cristiano Ronaldo e Isco fueron los jugadores más destacados del primer encuentro de preparación. El encuentro acabó con victoria por cero goles a dos para los visitantes, y tantos de Apoño de penalti y Postiga. En tal competición es el mediocampista más goleador de la historia con 10 goles anotados.
Un doblete del capitán Gabi -que sería además el máximo goleador del equipo en la temporada- le dio la victoria al equipo por 1-2 y su permanencia en Primera, condenando al Deportivo de La Coruña al descenso. Miguel Pardeza, por su condición de capitán fue el encargado de levantar el título, el segundo europeo que ganaba el club aragonés, pero el más importante en su historia. El 28 de ese mismo mes, se dio a conocer que el «héroe de París» Nayim sería el segundo entrenador de Gay. Con jugadores de la talla de Andrés D’Alessandro, Aimar y Diego Milito y las incorporaciones en ese mercado estival de Oliveira, Gabi, Roberto Ayala y Matuzalém. En la penúltima jornada, se consumó matemáticamente el descenso en El Madrigal, donde fue derrotado por 2-1. Al terminar el partido, el Toro Acuña y otros jugadores golpearon a unos aficionados que invadieron el campo. El Deportivo Aragón realizó una sensacional temporada, clasificándose en mitad de tabla en la Segunda División B, realizando buenas actuaciones en la Copa del Rey y consiguiendo proclamarse campeón de España de Aficionados. El Real Zaragoza terminó la Liga en última posición y con ello puso fin a 24 años de ininterrumpida estancia en Primera División.