La temporada continuó con Sergije Krešić en el banquillo, cerrándose la Liga con el undécimo puesto y cayendo en segunda ronda de la Copa de la UEFA frente al Spartak de Moscú. La temporada 2004-05 empezó en 2ª con Sergio Krešić de entrenador, en una plantilla concebida para el ascenso, pero tras malos resultados fue sustituido por Marcos Alonso Peña, quedando 6º a más de diez puntos del ascenso. La inestabilidad en la presidencia propició el retorno de Gonzalo Alonso a la misma y los malos resultados llevaron a Fernando Redondo al banquillo. Moré siguió en el banquillo hasta la conclusión de la temporada 2002-03, y para afrontar la siguiente campaña se contrató a Fernando Vázquez. Fernando Alonso asumió la presidencia y realizó profundas reformas en la plantilla, cuyo potencial se vio reducido y estuvo a punto de descender. En la temporada de las bodas de oro, Gonzalo Alonso asumió la presidencia y renovó la plantilla con jóvenes talentos de las canteras azulgrana y merengue, siendo la incorporación más sonada la de Poli Rincón. Debutaron unos jóvenes Eusebio y Fonseca. Tras la venta de Alfredo Amarillo al FC Barcelona, llegaron a Valladolid tres jóvenes talentos procedentes del filial azulgrana, de los cuales dos, Moré y Rusky, se consolidaron en el club.
Una de ellas es Ikerca, centrada desde hace 22 años en la venta de ropa deportiva a través de la red: sudaderas, camisetas cortas, etcétera. Te vamos a sugerir próximamente la mejor agrupación donde aparecen la 20 mejores ropa fútbol barata del mercado. Nuestras equipaciones de fútbol para niño son baratas y de una calidad impresionante. Solo se ganaron 7 partidos en toda la temporada, con dos derrotas en las dos últimas jornadas, con lo que fue decisivo para que se acabara consumando el descenso a la Segunda División del fútbol español. Numancia, con un global de 4 a 1, el 16 de junio de 2018 ascendió a Primera División. Alberto López Fernández quien no logró mejorar al equipo pero a falta de 1 jornada consiguió la salvación matemática en segunda división. La siguiente temporada 2005-06 continuó Marcos Alonso hasta la jornada 25 cuando fue cesado y sustituido por Alfredo Merino Tamayo, que concluyó con el equipo en 10ª posición.
Marcos Fernández en su presidente. Hemos querido mostrar nuestra solidaridad de esta manera, para que nuestros propios vecinos puedan colaborar de alguna forma con este desastre», ha afirmado el presidente de la Asociación de los Pueblos Más Bonitos deEspaña, Francisco Mestre. Situado al lado del famoso edificio del departamento de fútbol, camiseta ajax este departamento está asociado a la Asociación de Jugadores de Bowling de Múnich. Tras la final de Copa, Fernando Hierro fichó por el Real Madrid y Vicente Cantatore pasó a entrenar al Sevilla F. C., llegando a su vez jugadores como Caminero y Amavisca. En la temporada 1998-99 el club pasó a denominarse Real Valladolid Club de Fútbol, S. A. D., su nombre actual. El proyecto del «Valladolid de los colombianos» terminó fracasando y el equipo descendió. El equipo remontó hasta meterse en las eliminatorias de ascenso, y tras superar en semifinales al Sporting de Gijón y en la final al C.D.
El equipo llegó a disputar las eliminatorias de ascenso, pero tras perder por tres goles a uno el partido de vuelta ante el Elche C. F., el Real Valladolid quedó eliminado. A pesar de que el Real Valladolid mantuvo una trayectoria muy irregular durante aquella campaña, consiguió el ascenso en un emocionante sprint final que le llevó a la segunda posición de la tabla en detrimento de Osasuna. El Real Valladolid consiguió el objetivo de la permanencia con mayor tranquilidad de la esperada, y realizó una gira por América Central gracias al gran seguimiento mediático sobre Gilberto desde Honduras, equipacion inter de milan 2022 su país natal. En la copa del rey fue eliminado por la Real Sociedad. La fusión supondría que el club de baloncesto pase a ser una sección dentro del Real Valladolid. El 3 de agosto de 2020 se firmó el acuerdo de colaboración que tendrá una duración de 3 años con el Club Baloncesto Ciudad de Valladolid.
Miroslav Đukić fue nombrado entrenador del primer equipo tras firmar un contrato de 3 años de duración. Siguieron dos temporadas en las que lo deportivo pasó a un segundo plano ante asuntos más triviales, como el traspaso de Landáburu al Rayo Vallecano o el debut de Gaíl con apenas 16 años. El 21 de agosto de 2020 se rubricó el acuerdo alcanzado el mes de julio con el Atlético Tordesillas convirtiéndose en el segundo equipo filial de la entidad blanquivioleta. El mismo patrón que aparece en los costados de la primera equipación es el que destaca con protagonismo en este segundo uniforme. Este logro permitió al club jugar una competición europea por primera vez en su historia, cayendo eliminados en la primera ronda de la Copa de la UEFA 1984-85 ante el HNK Rijeka croata. Para afrontar la temporada 1975-76 se incorporaron muchos jugadores jóvenes, y la escuadra blanquivioleta dirigida por Héctor Núñez se quedó a las puertas del ascenso y en la Copa llegó a cuarta ronda.