No obstante, durante la década de 1990 se empezó a popularizar otro escudo en las camisetas del club, equipacion italia mundial 2022 el cual era la cara de un águila mirando hacia la izquierda y con la leyenda «Motagua» en la parte inferior. Dos años después, en 2010, se retomó el escudo de la cara del águila mirando hacia la derecha. En el año 2009 la cuarta división del club se consagró campeón del torneo de AFA.
